1.1999年8月被卫生部、国家医药管理局授予“百佳医院”称号。

        2.2000年2月获中国'99昆明世界园艺博览会（1999.5.1—1999.10.31）卫生保障工作贡献奖。

        3.2001年12月获云南省科技事业单位档案管理国家二级。

        4.2002年2月获云南省卫生系统行业作风建设先进集体。

        5.2003年8月获云南省防治非典型肺炎先进集体。

        6.2003年10月获省级卫生系统档案目标管理工作先进集体。

        7.2003年11月获云南省教卫科系统民主管理、校务、院务、所务公开工作先进单位。

        8.2005年1月获云南省卫生系统行风建设先进集体。

        9.2006年6月获云南省防盲先进集体。

        10.2006年8月获云南省教卫科系统民主管理、校（院、所）务公开先进集体。

        11.2006年12月获云南省疫情报告工作先进集体。

        12.2008年4月全国医院（卫生）文化建设先进单位。

        13.2008年6月获云南省卫生系统抗震救灾先进集体。

        14.2008年6月全国三八红旗集体。

        15.2008年6月抗震救灾医疗队全国三八红旗集体荣誉称号。

        16.2008年7月中华全国总工会抗震救灾先进基层工会。

        17.2008年12月全国医院感染监测先进单位。

        18.2008年12月云南省教育卫生科研系统民主管理、校务、院务、所务公开工作先进单位。

        19.2009年4月云南省五一劳动奖状。

        20.2009年5月全国卫生系统护理专业巾帼文明岗。

        21.2009年12云南省教育卫生科研系统先进集体。

        22.2010年11月获云南省自强模范、扶残助残先进集体。

        23.2010年12月获云南省远程医疗应用先进单位。

        24.2011年2月获“十一五”期间全省卫生应急工作先进集体。

        25.2011年5月获云南省优质护理服务示范工程先进单位 。 

        26.2012年2月我院荣获云南省教育卫生科研系统2009-2011年度民主管理、校务、院务、所务公开工作优秀单位。

        27.2012年5月我院内分泌科荣获云南省第一批优质护理示范病房。

        28.2012年5月第二临床医学院荣获昆明医科大学2012年第七届青年教师普通话课堂教学比赛组织奖。

        29.2012年8月我院荣获云南省卫生系统职工体育运动协会群众体育运动先进集体

        30.2013年7月我院马林昆、张远平、张鸿3位同志荣获云南省2012年度“光明工程”先进个人。

        31.2013年7月第二临床医学院荣获昆明医科大学2013年课堂教学比赛组织奖。

        32.2013年7月我院曹贵华医师荣获全国援外医疗工作先进个人。

        33.2014年6月我院作品《我的2013·马林昆：从细节入手 改善医患关系》获选国家卫生计生委宣传司2013“健康中国”传播激励计划优秀新闻作品。

        34.2014年8月我院杨晋辉、邓丹琪、王剑松、张捷4位同志荣获云南省首批云岭名医称号。

        35.2014年11月我院夏秀宏同志荣获全省中医药工作先进个人。

        36.2014年11月在省级卫生应急技能竞赛中我院与省疾控中心组队，荣获团体一等奖、理论考试团体单项一等奖、知识竞答团体单项一等奖、桌面推演团体单项一等奖和现场技能操作团体单项一等奖，我院急诊医学部赵群远同志荣获突发中毒事件应急处置个人专项三等奖。

        37.2014年11月在昆明医科大学第二附属医院护理部、云南省康复医学会联合举办的“驼人杯”云南省一届护理用品创新大赛中，我院古启启发明的“一次性多功能灌引袋”荣获一等奖，急诊医学部花继红、神经外科刘静及康复科张丽芬获得二等奖，护理部袁薇、呼吸内科鲁雯、干疗外科毛红梅、泌尿外科一病区王俊、急诊医学部包雪艳及玉溪市人民医院儿童呼吸科杜晓莹获得三等奖,其余11个项目获得优胜奖。